آموزشکده پیراپزشکی زاهدان به صورت مستقل از تیر ماه 1369 با وجود سه رشته کاردانی، علوم آزمایشگاهی، رادیولوژی، هوشبری در ساختمان استیجاری واقع در خیابان مولوی شروع به کار کرد که این سه رشته از زمان تاسیس دانشگاه علوم پزشکی زاهدان در سال 1365 لغایت تیر ماه 1369 در دانشکده پزشکی قرار داشته است. در مهر ماه 1371 رشته کارشناسی فیزیوتراپی با تعداد 17 نفر دانشجوی روزانه و 7 نفر دانشجوی شبانه به آموزشکده اضافه و نام آن به دانشکده تغییر یافت. در مهر ماه 1373 تعداد 20 نفر دانشجوی شبانه در رشته کارشناسی بینایی سنجی به صورت آزمون داخلی پذیرش گردیدند.
از مهر ماه 1375 رشته کارشناسی بینایی سنجی،مهر ماه 1379 رشته کارشناسی کتابداری و اطلاع رسانی پزشکی، بهمن ماه 1380 رشته کاردانی مدارک پزشکی مهر ماه 1386 رشته کارشناسی ناپیوسته علوم آزمایشگاهی و هوشبری و از مهر ماه 1387 بر اساس اعلام وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی مقاطع کاردانی رشته های علوم آزمایشگاهی هوشبری و رادیولوژی به کارشناسی تبدیل گردیدند.
رشته های گفتار درمانی و شنوایی شناسی در مقطع کارشناسی از مهر 88 به رشته های این دانشکده اضافه شد و در رشته کاردانی مدارک پزشکی نیز آخرین گروه دانشجویان در بهمن ماه 87 پذیرش گردیدند که این رشته تغییر نام و مقطع داده و از بهمن 88 با عنوان رشته کارشناسی فناوری اطلاعات سلامت (HIT) برای اولین دوره دانشجو پذیرش نموده است.
دانشکده پیراپزشکی در سال 1371 به ساختمان استیجاری واقع درتقاطع خیابان طالقانی و مصطفی خمینی منتقل گردیده، از سال 1377 در مجموعه دانشکده پزشکی واقع در میدان مشاهیر و از فروردین سال 1386 این دانشکده در پردیس دانشگاه علوم پزشکی زاهدان واقع گردیده است.
دانشکده علوم توانبخشی پس از اخذ مجوز تاسیس از شورای گسترش دانشگاههای علوم پزشکی در تاریخ 2/12/88 فعالیت خود را با داشتن رشته های فیزیوتراپی، بینایی سنجی، شنوایی شناسی و گفتار درمانی آغاز و به صورت مستقل شروع بکار نمود. هم اکنون دانشکده پیراپزشکی دارای رشته های علوم آزمایشگاهی، هوشبری ،کتابداری و اطلاع رسانی پزشکی، تکنولوژی پرتوشناسی و فناوری اطلاع سلامت در مقطع کارشناسی پیوسته و رشته های هوشبری و علوم آزمایشگاهی در مقطع کارشناسی ناپیوسته می باشد.
مجوز پذیرش دانشجو در دوره شبانه مقطع ناپیوسته کارشناسی رشته هوشبری و علوم آزمایشگاهی از نیمسال دوم 91-90 به این دانشکده داده شده است.آزمایشگاه های آموزشی علوم پایه پزشکی که شامل آزمایشگاه شیمی و بیوشیمی، فیزیولوژی، ایمونولوژی، هماتولوژی، بافت شناسی، پاتولوژی و میکروب شناسی شامل (باکتری شناسی، انگل شناسی و قارچ شناسی) می باشد قبلا زیر مجموعه این دانشکده بوده که در حال حاضر در دانشکده پزشکی قرار گرفته است.
